Bij menstruele migraine treden de aanvallen op tijdens de menstruatie. Meestal beginnen de aanvallen op de eerste dag van de menstruatie of in de eerste twee dagen die eraan voorafgaan, steeds op hetzelfde tijdstip.

De sterke daling van het hormoon oestrogeen is meestal de oorzaak van de migraine aanval en kan daarom ook verholpen worden. Er bestaan oestrogeeninjecties die het oestrogeen in weer op normaal niveau brengen.